中東呼吸綜合征冠狀病毒感染的常規(guī)檢測方法是通過實時反轉(zhuǎn)錄PCR反應(yīng)和測序鑒定。有適當(dāng)經(jīng)驗和生物安全條件的實驗室可以嘗試用細(xì)胞分離病毒檢測，但不屬于常規(guī)檢測，本指南中未包含病毒分離的步驟。此外，鑒于我國尚無中東呼吸綜合征冠狀病毒標(biāo)準(zhǔn)毒株和血清學(xué)檢測試劑，此版技術(shù)指南暫不包括血清學(xué)檢測內(nèi)容。

任何中東呼吸綜合征冠狀病毒的檢測都必須在適當(dāng)條件的實驗室由經(jīng)過相關(guān)技術(shù)安全培訓(xùn)的人員進(jìn)行操作。

目前病毒核酸的檢測方法主要有檢測E蛋白上游基因（upE）、ORF1b基因和ORF1a基因三種。這些方法均高度敏感，檢測ORF1b基因的方法不如針對ORF1a的方法敏感，但比其更加特異。另外，已確定了中東呼吸綜合征冠狀病毒基因組中位于RNA依賴的RNA聚合酶（RdRp）和衣殼蛋白（N）基因的幾個適合測序驗證的靶序列。

在實驗室要確認(rèn)一個樣本為陽性，需要滿足以下兩個條件的其中

一個：

（一）至少兩種中東呼吸綜合征冠狀病毒特異性PCR結(jié)果陽性；

（二）一種PCR結(jié)果為陽性，另外一種PCR產(chǎn)物序列測序，與已知序列相符。

當(dāng)針對中東呼吸綜合征冠狀病毒的兩種不同的檢測方法結(jié)果不一致的時候，應(yīng)當(dāng)采用反轉(zhuǎn)錄PCR擴(kuò)增，對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序以確認(rèn)檢測結(jié)果。

陰性結(jié)果也不能排除臨床病人的感染，一些因素可能產(chǎn)生假陰性，包括：樣本質(zhì)量差，比如口咽等部位的呼吸道樣本；樣本收集的過早或過晚；沒有正確的保存、運輸和處理樣本；技術(shù)本身存在的原因，如；病毒變異，PCR抑制等。